Został zatrzymany prawdopodobnie 8 maja 1947 w mieszkaniu Heleny i Makarego Sieradzkich przy ulicy Pańskiej, do którego przyszedł, nie wiedząc o aresztowaniu jego właścicieli dzień wcześniej i utworzonym tam „kotle”. Wraz z „Witoldem” wpadł notatnik z adresami około stu osób z nim współpracujących oraz szyfr. W areszcie był torturowany przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa, m.in. przez jednego z najokrutniejszych śledczych Eugeniusza Chimczaka. Według prof. Andrzeja Romanowskiego Witold Pilecki już w pierwszym wstępnym przesłuchaniu, nie zmuszany przemocą, ujawnił całą swoją siatkę oraz miejsce przechowywania jej archiwum w mieszkaniu Szelągowskiej. Do tekstu Romanowskiego pt. „Tajemnica Witolda Pileckiego” opublikowanego w „Polityce” odniósł się Instytut Pamięci Narodowej zarzucając publicyście opieranie swojej tezy na wyrwanym z kontekstu protokole przesłuchania rotmistrza Pileckiego przez UB z 8 maja 1947 r. oraz niezapoznanie się ze znajdującymi się w archiwum IPN aktami dotyczącymi śledztwa i procesu rtm. Witolda Pileckiego i innych współoskarżonych – pominięcie powszechnie znanego faktu, że zarówno Witold Pilecki, jak i inne współpracujące z nim osoby były wcześniej rozpracowywane przez policję polityczną. IPN zarzuca również Romanowskiemu ignorancję w kwestii powszechnie dostępnej wiedzy o stalinowskich metodach śledczych, a w szczególności relacji świadków (m.in. Tadeusza Płużańskiego i Marii Szelągowskiej) o torturach wobec rotmistrza Pileckiego. Syn Tadeusza Płużańskiego tak scharakteryzował relacjonowane przez ojca tortury wobec Pileckiego: „był torturowany wręcz barbarzyńsko: zdarto mu paznokcie, z nóg, miażdżono mu jądra, nadziewano go na nogę od stołka. Katowany był w sposób nieludzki”. W trakcie ostatniego, jak się później okazało, widzenia z żoną, Pilecki wyznał jej w tym kontekście: Oświęcim to była igraszka.
„…Na jednym z ostatnich posiedzeń, gdy już było wiadomo, że zginie, Ojciec dał mamie mały metalowy grzebyk i powiedział, żeby koniecznie kupiła książkę Tomasza á Kempis „O naśladowaniu Chrystusa”. Chciał, żeby mama codziennie czytała nam fragmenty tej cudownej książeczki. „To ci da siłę” – powiedział do niej. Bardzo sobie cenię tę książeczkę i przez cały czas ją czytam. Jest to także testament dla mnie” – powiedziała córka rotmistrza.
15 marca 1948 rotmistrz został skazany na karę śmierci. W drugiej instancji, 3 maja 1948, Najwyższy Sąd Wojskowy wyrok ten utrzymał w mocy. W składzie sędziowskim zasiadali pułkownik Kazimierz Drohomirecki, podpułkownik Roman Kryże, major Leo Hochberg, porucznik Jerzy Kwiatkowski i major Rubin Szwajg. Wyrok wykonano dnia 25 maja w więzieniu mokotowskim na Rakowieckiej, poprzez strzał w tył głowy. Wykonawcą wyroku był Piotr Śmietański zwany „Katem z Mokotowa”.
Sławne słowa rotmistrza:
- „Starałem się tak żyć, abym w godzinie śmierci mógł się raczej cieszyć niż lękać”
- „Znalazłem w sobie radość wynikającą ze świadomości, że chcę walczyć”
- „…Dlatego więc piszę niniejszą petycję
By sumą kar wszystkich –
– mnie tylko karano.
Bo choćby mi przyszło postradać me życie
Tak wolę – niż żyć wciąż
a w sercu mieć ranę …”
źródła- warszawawpigulce.pl
historiaorg.pl